Die Dienststelle Direktzahlungen ist für den Vollzug von Beiträgen an die Landwirtschaft verantwortlich. Neben den Beiträgen nach Bundesrecht werden bei weiteren Beitragsarten mit kantonalen Anteilen oder bei ausschliesslich kantonalen Beiträgen die Höhe der Beiträge sowie die Berechtigung festgestellt. Es sind dies: die Beiträge nach Direktzahlungsverordnung (allgemeine Direktzahlungen, Ökobeiträge und Ethobeiträge), die Sömmerungsbeiträge, die Anbaubeiträge im Ackerbau, Beiträge nach Öko - Qualitätsverordnung, Beiträge nach Natur- und Heimatschutzgesetzgebung (fachliche Verantwortung beim Amt für Wald und Raumentwicklung), sowie kantonale Beiträge zur Förderung besonders umweltfreundlicher und nachhaltiger Bewirtschaftungsformen. Die Kontrollen vor Ort, mehrheitlich durch externe akkreditierte Kontrolldienste ausgeführt, werden durch interne Abklärungen und Oberkontrollen ergänzt. Die koordinierte landwirtschaftliche Betriebsstrukturdatenerhebung (Viehzählung) dient nicht nur der Erfassung der beitragrelevanten Daten sondern ist auch die Grundlage für bundesweite Statistiken und Adressdatenbanken.
Die Dienststelle Direktzahlungen erarbeitet Nährstoffbilanzen, führt das Tierzuchtsekretariat und ist zuständig für die Annerkennung von Betriebs- und Gemeinschaftsformen, Hofdüngerverträgen, Vereinbarungen über den Einsatz von nährstoffreduziertem Futter und arbeitet beim Vollzug der Tierverkehrsdatenbank und des nicht versicherbaren Elementarschädenfonds mit.